This model is from the article:
A quantitative comparison of Calvin–Benson cycle models
Anne Arnold, Zoran Nikoloski Trends in Plant Science 2011 Oct 14. 22001849 ,
Abstract:
The Calvin-Benson cycle (CBC) provides the precursors for biomass synthesis necessary for plant growth. The dynamic behavior and yield of the CBC depend on the environmental conditions and regulation of the cellular state. Accurate quantitative models hold the promise of identifying the key determinants of the tightly regulated CBC function and their effects on the responses in future climates. We provide an integrative analysis of the largest compendium of existing models for photosynthetic processes. Based on the proposed ranking, our framework facilitates the discovery of best-performing models with regard to metabolomics data and of candidates for metabolic engineering.

Note: Model of the Calvin cycle with focus on the RuBisCO reaction by Schultz (2003, DOI:10.1071/FP02146 ).

The parameter values are partly taken from Farquhar et al. (1980, DOI:10.1007/BF00386231 ) and Medlyn et al. (2002, DOI:10.1046/j.1365-3040.2002.00891.x ). The initial metabolite values are chosen from the data set of Zhu et al. (2007, DOI:10.1104/pp.107.103713 ). A detailed description of all modifications is given in the model described by Arnold and Nikoloski (2011, PMID:22001849 . Chelliah Vijayalakshmi viji@ebi.ac.uk EMBL-EBI Nikoloski Zoran nikoloski@mpimp-golm.mpg.de Institute of Biochemistry and Biology, University of Potsdam, 14476 Potsdam, Germany Arnold Anne arnold@mpimp-golm.mpg.de Max-Planck-Institute of Molecular Plant Physiology 2011-10-19T14:51:13Z 2012-04-20T19:52:45Z j S1 Nt j 2 S1 Nt Vc Vj Vp Vc Vj Vc Vj 2 Vp Vc Vj Vc Vj 2 Vp 2 S1 Rp R Nt Vc S1 Rp R Nt Vc phi Vc Vj Vp phi Vc Vj Vc Vj 2 Vp Vc Vj Vc Vj 2 Vp 2

[Pa]

[kPa]

Table 1, sunleaves (20-30°C)

converted into [mM] using Winter et al. (1994) subcellular stroma volume, BioNumbers (ID: 105594)

LPI = 15 (mature leaves LPI 10-20, p. 667); additionally legend of Figure 1

converted into [mM] using Winter et al. (1994) subcellular stroma volume, BioNumbers (ID: 105594)

converted into [mM] using Winter et al. (1994) subcellular stroma volume, BioNumbers (ID: 105594)

converted into [mM] using Winter et al. (1994) subcellular stroma volume, BioNumbers (ID: 105594)

"relative humidity >50%" (p. 675)

LPI = 15 (mature leaves LPI 10-20, p. 667); additionally legend of Figure 1; converted into [mM] using Winter et al. (1994) subcellular stroma volume, BioNumbers (ID: 105594)

incorporates assimilation rate (A) dependence; solved and replaced (causes a complex assignment)

incorporates assimilation rate (A) dependence; solved and replaced (causes a complex assignment)

incorporates assimilation rate (A) dependence; solved and replaced (causes a complex assignment)

 alpha PPFD 2 1 alpha PPFD Jmax 2 65 0.5 Nt NADPH J 4 CO2 1.6 1 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 2 Gamma J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma g0 k h CO2 1 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 2 Gamma J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma CO2 1.6 1 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 2 Gamma J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma g0 k h CO2 1 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 1.6 J 4 Rd k h CO2 Rd g0 CO2 2 Gamma k h CO2 J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 2 Gamma J 4 Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 2 Gamma 2 Gamma Vcmax CO2 1.6 1 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 4 g0 Rd CO2 Kc 1 O2 Ko Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko g0 k h CO2 1 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 4 g0 Rd CO2 Kc 1 O2 Ko Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko CO2 1.6 1 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 4 g0 Rd CO2 Kc 1 O2 Ko Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko g0 k h CO2 1 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 1.6 Vcmax Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Kc 1 O2 Ko k h CO2 Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko 2 4 g0 Rd CO2 Kc 1 O2 Ko Vcmax Gamma CO2 1.6 k h CO2 CO2 Kc 1 O2 Ko Kc 1 O2 Ko 3 TPU CO2 1.6 1 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 Gamma 3 TPU CO2 1.6 k h CO2 CO2 Gamma g0 k h CO2 1 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 Gamma 3 TPU CO2 1.6 k h CO2 CO2 Gamma CO2 1.6 1 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 Gamma 3 TPU CO2 1.6 k h CO2 CO2 Gamma g0 k h CO2 1 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 1.6 3 TPU Rd k h CO2 Rd g0 CO2 Gamma k h 3 TPU 1.6 k h CO2 CO2 Gamma 2 4 g0 Rd CO2 Gamma 3 TPU CO2 1.6 k h CO2 CO2 Gamma Gamma Vc Vj Vc Vj 2 Vp Vc Vj Vc Vj 2 Vp 2 0.21 g0 h k CO2 v_c Rd O2 Ko g0 h k 1.6 v_c Rd Kc chloroplast carboxylation Vc Vj Vp chloroplast oxygenation phi Vc Vj Vp chloroplast PGA_consumption PGA Rp NADPH Nt Vcmax chloroplast NADPH_production J NADP Nt