Osa tuomioistuinlaitosta koskevista keskushallintotehtävistä on sellaisia, että niitä koskeva vastuu jakautuu oikeusministeriön ja Tuomioistuinviraston kesken. Tämä tarkoittaa, että näissä tehtävissä tarvittavaa asiantuntemusta on oltava molemmissa. Tällaisia tehtäviä ovat esimerkiksi erilaisiin kehittämishankkeisiin osallistuminen, tulosohjaustehtävät, virkajärjestely- ja virkaehtosopimusasiat, toimitilat, tietojärjestelmät ja tietohallinto sekä kansainväliset tehtävät.
Esityksessä ehdotetaan, että Tuomioistuinviraston ylintä päätösvaltaa käyttäisi johtokunta. Johtokunnassa olisi kahdeksan jäsentä. Heistä enemmistö eli kuusi jäsentä olisi tuomareita. Tuomarienemmistöä pidetään olennaisena seikkana arvioitaessa viraston asemaa sekä riippumattomuusvaatimuksia. Tuomarienemmistöä edellytetään myös kansainvälisissä suosituksissa. Tuomioistuinten monipuolisen tuntemuksen varmistamiseksi johtokunnassa olisi tuomarit korkeimmista oikeuksista sekä muista perustuslain 98 §:ssä mainituista eri tuomioistuinlajeista. Tuomarijäsenistä kahden tulisi olla päällikkötuomareita. Heistä toinen olisi yleisistä tuomioistuimista ja toinen hallinto- tai erityistuomioistuimista. Johtokunnassa olisi kuuden tuomarijäsenen lisäksi yksi tuomioistuinten muuhun henkilöstöön kuuluva jäsen sekä yksi muu jäsen, jolla olisi erityisesti julkishallinnon johtamisen asiantuntemusta.
Ylimmät tuomioistuimet nimeäisivät kumpikin oman jäsenehdokkaansa. Hovioikeuksien, käräjäoikeuksien, hallinto-oikeuksien ja erityistuomioistuinten päällikkötuomarit nimeäisivät neljä muuta tuomarijäsenehdokasta ilmoittautumisten perusteella. Päällikkötuomareiden olisi ennen nimeämisten tekemistä keskusteltava keskenään ja kuultava tuomareita. Tämä toteutettaisiin keskustelemalla nimettävistä ehdokkaista työntekijäjärjestöjen, kuten esimerkiksi Suomen tuomariliitto ry:n kanssa. Menettelyllä pyrittäisiin varmistamaan, että tuomarijäsenet edustaisivat monipuolisesti erilaisten tuomioistuinten asiantuntemusta ja että kokoonpano täyttää tasa-arvolainsäädännön vaatimukset. Edellä toteuttamisvaihtoehtoja koskevassa kohdassa esitetyistä syistä päällikkötuomarit nimeäisivät ilmoittautumisten perusteella myös muun henkilöstön kuin tuomareiden jäsenehdokkaan henkilöstöjärjestöjä kuultuaan.
Oikeusministeriö ilmoittaisi tehtävien avoinna olemisesta ja pyytäisi nimeämiset toimivaltaisilta tahoilta. Näin se huolehtisi myös julkishallinnon johtamistuntemusta omaavan jäsenehdokkaan hankkimisesta. Ehdokkaita nimettäisiin kaksi kertaa niin paljon kuin on paikkoja. Ehdokasasettelun tavoitteena olisi, että johtokunnassa olisi mahdollisimman laaja tuomioistuinten toiminnan tuntemus. Johtokunnan jäsenyys ei olisi päätoiminen tehtävä vaan oman toimen ohella hoidettava luottamustoimi.
Virastoa johtaisi ylijohtaja, jonka johtokunta nimittäisi viiden vuoden määräajaksi. Ylijohtajan toimivallasta ja tehtävistä voitaisiin määrätä tarkemmin viraston työjärjestyksessä, jonka johtokunta vahvistaisi. Ylijohtajan virkaan valittavalta vaadittaisiin Suomen kansalaisuutta, ylempää oikeustieteellistä korkeakoulututkintoa, tehtävän edellyttämää monipuolista kokemusta, käytännössä osoitettua johtamistaitoa sekä johtamiskokemusta. Ylijohtaja voisi olla myös muu kuin tuomaritaustainen henkilö, mutta edellä toteuttamisvaihtoehtoja koskevassa kohdassa todetuista syistä hänen tulisi olla oikeustieteen muun ylemmän korkeakoulututkinnon kuin kansainvälisen ja vertailevan oikeustieteen maisterin tutkinnon suorittanut.
Ylijohtaja olisi valtion virkamieslain 26 §:n 4 momentissa tarkoitettu valtion ylimpään johtoon kuuluva virkamies, johon sovellettaisiin valtion virkamieslain säännöksiä. Tästä seuraa, että ylijohtajan virkaan nimitettäisiin valtion virkamieslain 9 a §:ssä säädetyn mukaisesti viiden vuoden määräajaksi, jollei erityisestä syystä olisi perustetta nimittää tätä lyhyemmäksi määräajaksi. Toimikausien lukumäärää ei ole rajattu, joten ylijohtajaksi voitaisiin nimittää uudelleen. Jos sama henkilö tulisi valituksi toiseksi viiden vuoden toimikaudeksi, hän menettäisi sen viran, johon hänet oli nimitetty vakinaisesti, jollei viranomainen erityisistä syistä toisin päätä (valtion virkamieslaki 65 § 2 momentti). Valtion ylimpään johtoon kuuluvana ylijohtajan irtisanomissuoja olisi muista virkamiehistä poikkeava eli hänet voitaisiin valtion virkamieslain 25 §:ssä säädettyjen yleisten irtisanomisperusteiden lisäksi irtisanoa 26 §:n mukaisesti, kun siihen on viran luonne huomioon ottaen hyväksyttävä ja perusteltu syy.
Ylijohtajan palvelussuhdetta koskeva päätösvalta olisi tuomioistuinlain mukaisesti Tuomioistuinviraston johtokunnalla. Valtion ylimpiin virkamiehiin kuuluvana ylijohtajan palkkauksesta päättäisi kuitenkin valtion virkaehtosopimuslain mukaisesti valtiovarainministeriö.