Naitatag ang Iglesia Filipina Independiente (IFI o Malayang Simbahan ng Pilipinas sa Filipino), na kilala ring Aglipayan Church, noong Ago. 3, 1902 sa Quiapo, Maynila. Iprinoklama ito ni Isabelo de los Reyes ng Union Obrera Democratica matapos ang Digmaang Pilipino-Amerikano. Naging unang Obispo Maximo nito ang dating Katolikong paring si Gregorio Aglipay.

Tinawag ng historyador na si Teodoro Agoncillo ang IFI na “nag-iisang buhay at kongkretong bunga ng Rebolusyong Pilipino.”

Layon ng pagtatatag ng IFI na kumawala sa kolonyal na paghahari ng mga prayleng Kastila at Roma upang mapasakamay ng mga Pilipino ang pamumuno sa simbahan. Iwinaksi ng IFI ang awtoridad ng Santo Papa at tinanggal ang pagbabawal sa pag-aasawa ng mga pari.

Sa pag-alis ng mga Kastilang pari sa Pilipinas, tinanggihan ng Roma ang hiling ng mga Pilipinong Katolikong pari na mamuno sa simbahan na nagresulta sa pagkalas ng maraming pari dahil sa pagkakait sa kanila ng karapatan.

Mabilis na dumami ang mga umanib sa bagong Kristiyanong simbahan mula sa uring anakpawis na resulta na rin ng kalupitan at kasakiman ng mga prayleng Kastila at pagkakait ng Roma ng karapatan sa mga Pilipinong pari.

Bahagi ng kasaysayan ng IFI ang pagiging rebolusyonaryo’t makabayan. Patuloy ito sa pagsusulong ng makatarungan at pangmatagalang kapayapaan, pagtatanggol sa karapatang pantao, pagtataguyod ng pagkakapantay-pantay ng mga kasarian at pakikiisa sa mga manggagawa, magsasaka, maralita, migrante at iba pang marhinadong sektor.

Patunay dito ang pakikisangkot ng IFI sa mga isyu ng mamamayan tulad ng pagtaas ng sahod ng mga manggagawa at tunay na reporma sa lupa para sa mga magbubukid. Masugid din nitong sinusuportahan ang usapang pangkapayapaan sa pagitan ng Gobyerno ng Republika ng Pilipinas at National Democratic Front of the Philippines.

Sa usapin ng pagkakapantay-pantay ng mga kasarian, patuloy na nagsisikap ang IFI na ibukas ang paglilingkod bilang kleriko sa lahat ng mga kasarian. Ayon sa IFI, walang pinipiling kasarian ang paglilingkod.

Patunay dito ang oridinasyon ng unang babaeng pari ng IFI na si Rosalina Rabaria ng Diyosesis ng Aklan at Capiz noong 1997, konsekrasyon ng unang babaeng obispo ng IFI na si Emelyn Dacuycuy ng Diyosesis ng Batac noong 2019 at ordinasyon ng unang transwoman na diyakonesa sa Pilipinas na si Wowa Ledama noong 2023.

Patuloy din ang pakikipag-ugnayan at pakikipagdiyalogo ng IFI sa iba pang simbahang Kristiyano sa bansa para isulong ang ekumenismo at pagtutulungan tulad ng sa Episcopal Church in the Philippines sa porma ng isang concordat na nag-uugnay sa IFI sa mas malawak na Anglican Communion at sa Catholic Bishops Conference of the Philippines para kilalanin ang sakramento ng binyag ng isa’t isa.

Ilan sa mga kilalang kasapi ng IFI sina Melchora Aquino, Paciano Rizal, Ladislao Diwa, Dominador Gomez, Pascual Poblete, Rafael Palma, Lope K. Santos, Vicente Sotto, Alberto Ramento, Ephraim Fajutagana, Crispin Beltran, Andrea Rosal at Alexander Gesmundo.

Kasalukuyang pinamumunuan ni Joel O. Porlares, Obispo Maximo XIV ng IFI, ang simbahang may 7 milyong mananampalataya ayon sa pagtataya ng World Council of Churches noong 2023.

Nakasentro ang pamunuan ng IFI sa Cathedral of the Holy Child sa Taft Ave., Maynila. Mayroon itong 48 na diyosesis sa Pilipinas, dalawang diyosesis sa ibayong dagat at apat na organized overseas congregations.