آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر ایران در واکنش به کشته‌شدن اسماعیل هنیه، رییس دفتر سیاسی حماس در تهران گفته است که اسرائیل «با این اقدام زمینه‌ی مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت».
او در پیام خود گفته است: «رژیم صهیونیستی جنایتکار و تروریست، مهمان عزیز ما را در خانه‌ی ما به شهادت رسانید و ما را داغدار کرد، ولی زمینه‌ی مجازات سخت برای خود را نیز فراهم ساخت.»
رهبر ایران افزوده است که هنیه در حریم جمهوری اسلامی ایران کشته شده و «خونخواهی او را وظیفه‌ی خود می‌دانیم».
اسماعیل هنیه، رییس دفتر سیاسی حماس بامداد امروز در محل اقامتش در تهران، همراه با یک محافظ خود کشته شده است. او برای اشتراک در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان، رییس‌جمهور جدید ایران به این کشور رفته بود.
خبرگزاری فارس ایران گزارش داده است که هنیه حوالی ساعت ۲:۰۰ بامداد براثر اصابت یک «پرتابه» از هوا، هدف قرار گرفته و کشته شده است.
مقام‌های ایران اسرائیل را متهم به ترور اسماعیل هنیه کرده‌اند، اما اسرائیل هنوز در این مورد واکنشی نشان نداده است.
مسعود پزشکیان، رییس‌جمهور ایران هم در واکنش به کشته‌شدن اسماعیل هنیه گفته است که «ایران از تمامیت ارضی، عزت، حیثیت، افتخار و شرف خود دفاع، و اشغالگران تروریست را از اقدام بزدلانه‌ی خود پشیمان خواهد کرد».