کمیسیون حقوق بشر پاکستان از عدم دسترسی پناه‌جویان افغانستان به خدمات صحی ابراز نگرانی کرده است.
این کمیسیون گفته است گزارش‌ها نشان می‌دهد که بسیاری از پناه‌جویان بیمار افغانستان از ترس بازداشت توسط پولیس از مراجعه به شفاخانه‌های پاکستان خودداری می‌کنند و همچنین برخی از شفاخانه‌ها، بیماران بدون ویزا را درمان نمی‌کنند.
کمیسیون حقوق بشر افزوده است گزارش‌هایی نگران‌کننده‌ای است که نشان می‌دهد حتا زنان بارداری که نیاز به مراقبت‌های پزشکی فوری دارند، از درخواست کمک می‌ترسند.
این کمیسیون افزوده است: «چنین اقداماتی نه‌تنها کرامت انسانی اولیه را نقض می‌کند بلکه با تعهدات قانون اساسی و بین‌المللی حقوق بشر پاکستان نیز مغایرت دارد؛ به‌ویژه با توجه به خطری که زنان و دختران افغان در صورت بازگشت اجباری به کشوری که آپارتاید جنسیتی را اعمال می‌کند، با آن مواجه هستند.»
پاکستان تمام پناه‌جویان بدون مدرک اقامت را اخراج می‌کند. این کشور برای تمام شهروندان افغانستان، از جمله دارندگان کارت پیاوآر تا اول سپتامبر مهلت داده بود که پاکستان را ترک کنند. شمار دارندگان کارت پیاوآر در پاکستان نیز بیش از یک میلیون نفر اعلام شده است.
بخش دیگر از پناه‌جویان افغانستان در پاکستان، کسانی هستند که به‌دنبال پناهندگی در سایر کشورها اند. آنان می‌گویند که در صورت بازگشت به افغانستان در معرض خطر قرار می‌گیرند.